Frà Luca Baglione perugino, nell'Arte del predicare (1562), tra molti atti proprj racconta che, inveendo in una, non dice quale, città contro gli eretici, un di costoro gli tirò un'archibugiata, da cui Iddio però preservollo; e un'altra volta assalito da più di quindici sifatti in istrada, potè difendersene colla sola parola di Dio355.
      Meno trascorreva l'Inquisizione romana, ma pur troppo allora al gentilesimo delle voluttà e dell'ingegno si credette riparare con quello della severità e de' supplizj, fin a sminuire e la sicurezza del vivere e la franchezza del pensare. Già dai tempi di Leon X, poi sempre in appresso si andava insinuando ai papi che l'eresia bisognava reprimerla colla forza; che «il fuoco della ribellione non si smorza se non col gelo del terrore e con la pioggia del sangue»: non già colle persuasioni, ma colle crociate e coi roghi essersi repressi i Patarini nel secolo xii.
      Nel 1533 fu eretto a Roma un famoso processo, nel quale molti si ritrattarono. Non così Giovanni Mollio da Montalcino356, minorita, che fra la gioventù dell'Università di Bologna diffondeva le dottrine zuingliane, con tanta riuscita, che un gentiluomo esibivasi pronto a levare seimila soldati qualora si recasse guerra al papa357. Il Mollio processato non volle ricredersi, anzi difendeva le sue dottrine e imputava la tirannide ecclesiastica, dalla sentenza appellandosi al giudice eterno. Pertanto fu strangolato a Roma, poi arso in Campo di Fiori con un Perugino.
      Sotto Paolo III trattandosi del come riparare all'eresia, il Caraffa, cardinal teatino, suggerì la prima delle famose Congregazioni di Roma, quella del Sant'Uffizio, mentre prima operavasi debolmente, dandosi le cause a giudicare or al maestro del Sacro Palazzo, or al vicario di Roma, or al collegio de' cardinali o a qualche commissione particolare.