I principi, accortisi che al religioso teneano dietro sovvertimenti politici, fecero causa comune con quella Roma, che aveano guardata con gelosia, e dapertutto fu invigorita l'Inquisizione, con privilegi e indulti si allettavano fraternite d'uomini e donne a servirle di famiglia. Chi denunzia un abuso, chi implora una riforma, è preso di mira, ha taccia di perturbatore: si piglia ombra di quanto in prima passava inappuntato; una devozione vivissima, un non ordinario rigore di pratiche religiose somigliano raffacci alle rilassatezza comune; la cautela ne' modi e nelle parole passa per ipocrisia; la franchezza per insolenza: fin il tacere s'interpreta per dissimulazione pericolosa. Sono martirj che non ignora chiunque nell'età nostra sentì o pensò.
      L'Inquisizione estendeasi anche agli Ebrei, non per punirli, ma per impedire propagassero i loro errori, nè commettessero quegli enormi delitti, di cui fremevasi allora credulamente, come credulamente si freme oggi delle stragi del Sant'Uffizio. Il buon Sadoleto, intitolato il Fénelon italiano, in una lettera al cardinale Farnese si lamenta perchè gli Ebrei sieno trattati troppo cortesemente a Roma, e protetti da Paolo III. Ma Paolo IV usò con essi rigorosamente, e volle fossero ristretti entro il ghetto. Gliene presero ira, e forse ebbero gran parte nell'eccitare contro di esso papa la plebe romana, che ne abbattè la statua e bruciò il palazzo dell'Inquisizione.
      A Pio IV successe col nome di Pio V frà Michele Ghislieri, alessandrino di Bosco, di religione rigorosa, d'integerrima vita.