Così allora avvenne, e nella inflessibilità del suo zelo vedemmo Paolo IV gittare prigioni il cardinale Morone, i vescovi Egidio Foscarari di Modena, Tommaso Sanfelice della Cava, Luigi Priuli di Brescia, imputati di nutrire opinioni ereticali, o mal difendere le ortodosse, mentre non chiedeano che una riforma, la quale restituisse alla Scrittura l'autorità, usurpata dalla tradizione, e che si correggessero i costumi. E dovettero scagionarsi.
      Anche don Gabriele Fiamma veneto, canonico lateranese e vescovo di Chioggia, autore di poesie spirituali, predicando a Napoli il 1562, fu accusato d'eresie, e al Gonzaga signor di Guastalla scriveva: «Jer sera, per commissione del cardinale Alessandrino furono pigliati tutti i miei libri, e notata ogni minima polizza. Questo non m'è grave, venendo la commissione da quel dabbene e religiosissimo signore e dal santissimo tribunale dell'Inquisizione: ma ben mi dolgo che gliene sia data occasione da alcuni maligni ed invidiosi miei emuli»362.
      Fu allora che l'accademia di Modena andò dissipata come dicemmo, e molti membri di essa migrarono. Il decreto del 1558, per cui tutti i frati che fossero usciti di convento obbligavansi a tornarvi e sottoporsi al castigo meritato, indusse molti a fuggire in Olanda e a Ginevra; e se credessimo a Gregorio Leti363, più di ducento buttaronsi eretici.
      Il Tiepolo, ambasciador veneto a Roma, descrive un Atto di fede eseguito colà contro quindici persone: sette andarono condannate alle galere come testimonj falsi: sette eretici abjurarono; uno relapso fu rimesso al fôro secolare, ed era «don Pompeo de' Monti, di sangue assai nobile, fratello del marchese di Cortigliano, e stretto parente del cardinale Colonna»364. Ai 27 settembre 1567 descrive l'Atto dove furono bruciati il Carnesecchi, del quale parleremo poi a disteso, e un frate di Cividale di Belluno, oltre diciasette che avendo abjurato, furono chiusi in prigione perpetua o in galera, o multati in denaro per la fabbrica che dee farsi d'un ospedale per gli eretici.