Molti andavano ad ascoltarlo, ed esso esortavali alla libertà de' figli di Dio. La moglie, le sorelle tentarono di nuovo distrarlo dalle sue convinzioni, ma egli rispondeva: «Il Signore non vuole ch'io rineghi lui per il bene della mia famiglia».
      Quando a Paolo III succedeva Giulio III, venne l'ordine di metter a morte Fannio. A quel che gli recò l'annunzio, diede un abbraccio, e ringraziandolo, «Io accetto con gioja la morte, caro fratello, per la causa di Cristo»: e continuò a edificare i compagni coll'esporre la felicità di un tal morire. Domandato a chi affidasse i suoi figli: avesse compassione di essi e della sua cara moglie, rispose: «Li lascio al miglior de' custodi, Nostro Signor Gesù Cristo». Offertagli la vita se si disdicesse, professò non desiderare di sfuggir alla morte. E continuava spiegando diversi passi della Scrittura, recitando sonetti suoi sopra la giustificazione, e chiesto come mai fosse sereno mentre Cristo soffrì le ambasce dell'agonia, «Cristo (ripigliava) nell'orto e sulla croce soffrì le torture dell'inferno al quale noi eravamo condannati. Ma dopo che egli tolse i peccati nostri, a me non resta che a rallegrarmi, sicuro che la morte del mio corpo sarà passaggio ad un'eterna vita».
      Così parlava poco prima d'esser condotto sulla pubblica piazza di Ferrara. Presentatogli un Crocifisso, disse: «Vi prego di non turbarmi presentandomi un Cristo di legno, mentre io l'ho vivente nel mio cuore». A ginocchi pregò divotamente e ardentemente Iddio di illuminare le offuscate menti dell'ignorante moltitudine.