Le galere di questi nuovi invasori erano menate da Italiani, rubati sulle spiaggie. I Protestanti favorivano i Turchi, sicchè per paura di questi il papa osteggiava quelli, e pareva il magistrato supremo di una società in pericolo, che bisogna salvar con qualsiasi mezzo, siccome in tempo di peste o d'assedio.
      Fu perciò che tanta parte egli prese nelle guerre civili, suscitate dalla Riforma in Francia, e di cui parleremo. Udito i guai che ne venivano, ordinò un lutto generale in Roma: egli stesso menò una processione a varie chiese, pregando e predicando per la salute di quel paese, e facendo recitare questa orazione: «Piissimo Iddio, che non ti ricordi delle iniquità di chi s'è convertito, guarda alle chiese sue, profanate dalla mano degl'infedeli, e la costernazione del diletto tuo gregge; ricordati della tua eredità, acquistata coll'effusione del tuo prezioso sangue; la vigna tua piantata dalla tua destra, che il fero cinghiale cerca sterminare, visita attentamente e i cultori di essa dalla rabbia dei devastatori corrobora colla tua virtù, rendi vincitori, e quei che bene operano in essa, fa colla potenza tua più forti»438.
      Era dunque ben lontano dal suggerire, come si pretende, gli assassinj. In lettera del 25 giugno 1566 a Carlo IX, gli rammenta quanto importi alla pace di Francia estirpar le eresie, poichè col pretesto di queste si conturba il paese medesimo, si invocano i forestieri; sa che alcuni lo consigliano di sforzarsi a spegner poco a poco le eresie col tollerare e dissimulare.