L'aver mandato al fuoco uno de' filosofi di maggior rinomanza al suo tempo indignò molti contro l'Inquisizione, la quale di rimpatto prese ardimento ad estendere la propria giurisdizione. Massimamente frà Pietro dell'Aquila fu accusato di oltrepassare i suoi poteri, e smunger denaro da cittadini sospetti d'eresia; sicchè la repubblica pose nel suo statuto449 che gl'Inquisitori non dovessero intromettersi se non di cose del proprio ufficio; condannassero nella persona, ma non negli averi; non tenessero carceri private, ma si servissero delle pubbliche; e nessun capitano o podestà, nè i vescovi di Firenze o Fiesole potessero far arrestare veruno per mandato del Sant'Uffizio, se non previa licenza de' priori; non si concedesse di portar l'armi che a sei famigliari del Sant'Uffizio; e costituiva quattordici difensori della libertà, che vegliassero all'osservanza di tali capitoli.
      Ai quali si cercò sempre rivocare il Sant'Uffizio ogni qualvolta le circostanze l'avessero portato a trascendere. Quando Paolo III ebbe istituita la congregazione del Sant'Uffizio, fu preso partito che a Firenze tre commissarj, poi un quarto si unissero all'Inquisitore, per conoscer le cause di religione.
      Da Giovanni delle Bande Nere, uno di que' brillanti avventurieri che sventuratamente sempre lusingarono le simpatie degli Italiani senza far mente qual causa sostenessero, nacque Cosimo de' Medici, che con arti buone e con sinistre riuscì a divenir capo dello Stato fiorentino, dove la repubblica già era stata strozzata dalle armi straniere, e ne costituì un principato ereditario.