Ne profittarono455 gli Ugonotti, e subito insinuarono a Cosimo di favorire il principe d'Orange e i sollevati del Belgio, per dare così imbarazzi al re di Spagna; ma Cosimo non volle collegarsi con eretici; - forse non vi trovò il suo conto.
      Era naturale che Roma vegliasse assai perchè nella contigua Toscana non attecchissero i germi ereticali; mentre d'altra parte il duca cercava gratificarsi la Corte romana. Nel 1545 Pandolfo Pucci lo informava che il papa erasi lagnato perchè avesse espulso da San Marco i Domenicani, e surrogatovi gli Agostiniani, ch'esso reputa più luterani che cattolici456. E due anni innanzi, il Campana segretario l'informava d'un Capitolo tenutosi dai frati di Santa Maria Novella, ove, delle conclusioni adottate, cinque si dimostrano luterane457. Esso duca, nel 1552, scriveva al cardinale di Santa Fiora, deplorando i disordini che si commettevano nei monasteri di Firenze, asserendo che in uno si fosser trovate ben quindici suore spulzellate per opera di frati e preti458: ma consta dalle storie come Cosimo avesse in ira e in sospetto i frati, e principalmente i Domenicani, come attaccati alle idee repubblicane e ai ricordi del Savonarola.
      Cosimo realmente riusciva intollerante come tutti gli uomini del suo tempo, secolari fossero od ecclesiastici, cattolici o protestanti, italiani od alienigeni. Pure non amava l'Inquisizione, giurisdizione straniera nel paese suo; perciò voleva avervi mano, e impedì che fosse trasferita dai Minori Conventuali ai Domenicani.