Avendo i famigliari del Sant'Uffizio la distintiva d'una croce rossa, e rimanendo esenti dalla giurisdizione secolare e autorizzati a portar l'armi, Cosimo temette ciò non servisse di coperta ai tanti che avversavano il suo dominio, e ne stava in molta guardia.
      Dappoi Paolo IV abolì in Firenze la deputazione del Sant'Uffizio, e fin il nunzio ne restò escluso, ristrettane la giurisdizione nel solo inquisitore. A mezzo dicembre 1551 fu eseguito un atto di fede in Firenze. Uno stendardo, portante la croce nodosa in campo nero fra la spada e l'ulivo, con attorno le parole del salmo Exurge, Domine, et judica causam tuam, precedeva la processione di ventidue persone, alla cui testa Bartolomeo Panciatichi, ricco gentiluomo, e già ministro del duca in Francia. Vestivano cappe dipinte a croci, e così avviati alla metropolitana, fatta abjura vennero assolti, mentre i loro scritti e libri erano dati al fuoco. Intanto questa cerimonia faceasi privatamente da alcune donne a San Simone.
      Cosimo pretendeva che il nunzio apostolico lo tenesse informato de' processi che a Fiorentini si facessero anche a Roma459, dicendo che, trattandosi di materie di fede, più di ogni altra importanti, voleva ogni cosa condotta coll'intervento de' suoi ministri. Nel febbrajo 1551 essendo dall'Inquisizione di Roma domandato Lorenzo Niccolucci, il duca ne permetteva l'estradizione, ma a patto che il rimandassero a Firenze se doveva subire castigo. Di cosiffatte informazioni troviamo spesso negli archivj, e nominatamente al 4 novembre 1564 il nunzio scriveva: