Le eresie di che era imputato il Carnesecchi sono le seguenti: La giustificazione per la sola fede; le opere non son necessarie alla salute, che viene acquistata colla fede; l'uom giustificato però le fa ogni qualvolta glie ne vien occasione, ma non servono alla vita eterna; bensì dopo la resurrezione universale otterranno maggior grado di gloria. Per natura abbiam il libero arbitrio soltanto pel male: e avanti la Grazia, pel solo peccato. È impossibile osservare i precetti del decalogo, massime i due primi e l'ultimo, senza efficacissima grazia di Dio, e grand'abbondanza di fede e speranza, concessa solo a pochissimi. Non si creda se non alla parola di Dio, tramandata nelle Scritture. Nessun testimonio si trova delle indulgenze nella Scrittura; e valgono solo pei vivi, cioè in quanto alle imposte penitenze. Non tutti i Concilj generali furono congregati nello Spirito Santo: e non ben accertava se dovessero essere convocati dall'imperatore, dal papa o da altri. Esitava sul numero de' sacramenti. La confessione non riteneva d'obbligo, bensì di consolazione. Molto dubitò del Purgatorio, e stimava apocrifo il II libro de' Macabei dove si dice santo e salutare il suffragio pe' morti. Nell'Eucaristia credette rimanga la sostanza del pane, in modo che vi sia presente il corpo di Cristo, ma senza transustanziazione: opinione di Lutero, donde qualche volta piegò a quella di Calvino. Gioverebbe comunicar sotto le due specie anche ai laici. Il sacrifizio della messa non esser propiziatorio, se non in quanto eccita la memoria della passione di Cristo, e in conseguenza la fede, per la quale s'impetra la remissione de' peccati.