Mi disse jersera il governatore di Roma che il Carnesecchi porta gran pericolo della vita, sebbene il processo suo non è ancor maturo, e ha un gran bisogno d'ajuto: quando campi la vita, sarà murato in luogo che non si rivedrà mai più, essendosi trovato, fra le scritture sue, minute di lettere che scriveva pel mondo quando fu creato questo buon papa, detestando questa santa elezione, e dicendo molto male di lui e di tutto il Collegio. Certo è che lui è eretico marcio, e avendo il papa così mala opinione di lui, oltre ai suoi demeriti, certo è che va a pericolo grande della vita, e credo che tutti gli avvisi e favori che gli si facciano siano buttati via, non ammettendo il papa cosa alcuna che gli si proponga in favore e sgravio suo: e presto se ne doverà venire al fine, che Dio l'ajuti, che certo n'ha molto bisogno»475.
      E al 2 luglio 1566:
      «Con l'ordinario di Genova scrissi a vostra eccellenza illustrissima, alla quale lassai di dire come sua santità parlò in concistoro che voleva mandar un monitorio penale a tutti i deputati sopra l'Inquisizione per tutta Italia, che volessimo denunziarle tutte quelle persone che avevano sospetto d'eresia, volendo lei medesima riandar ogni cosa, e proveder contro a quei che saranno denunziati. E in tanto venne jer sera appunto da Napoli quel maestro di casa di Violanta da Gonzaga, e si dubita assai che fra lui e monsignor Pier Carnesecchi non ne nominino molti»476.
      In fatto il processo diventava sempre più serio, e a seguitarlo ci è scorta la legazione del Serristori477. Il 5 luglio, questi annunzia come il Carnesecchi fosse giunto la notte avanti, e messo nella prigione del Sant'Uffizio; al 9 soggiungeva esser inutile il raccomandarlo.