Lo Zilioli, che lasciò manuscritte certe vite di letterati poco benevole, dopo parlato dello scriver lascivo del Domenichi soggiunge: «Per quello e per un altro più importante vizio, dell'avere malamente sentito o parlato della fede cristiana, fu una volta dagl'inquisitori di Firenze trattenuto, e con severissimi tormenti esaminato, con tanto rischio della vita che, benchè non confessasse alcuna di quelle cose, delle quali per chiarissimi indizj era convinto, restò nondimeno condannato nelle stinche a perpetue calamità: ancorchè poco dopo, ad istanza di Paolo Giovio ed altri, ottenesse grazia di uscir di carcere, e di trattenersi in un monastero e finalmente l'intera libertà».
      Il Tiraboschi crede non sia stato processato dall'Inquisizione, bensì dal duca ad istanza di Carlo V, perchè nella patria Piacenza teneva relazioni con quei che detestavano la usurpazione fattane allora dall'imperatore. Si ha del 1553 una medaglia, coniata del valente Domenico Poggi a onor del Domenichi, il cui rovescio rappresenta un vaso di fiori, colpito, non bruciato da fulmine, colla legenda ???????????? ??? ?? ??? ?? ?????: ha colpito e non abbrucia. Il Domenichi, nel Dialogo delle imprese, ne dà una spiegazione che parrebbe alludere ad una persecuzione religiosa, dicendo: «Il vaso sta là per la vita umana, i fiori per le virtù e le grazie che sono doni del Cielo: Dio ha voluto ch'esse fossero fulminate e colpite, ma non abbruciate e distrutte. Voi sapete che vi sono fulmini di tre specie, di cui l'uno, per servirmi delle parole di Plinio, colpisce e non abbrucia: questo è quello che, arrecandomi tutti i flagelli e le tribolazioni per parte di Dio, il quale, siccome dice san Paolo, castiga quelli che ama, mi ha fatto scorgere e riconoscere i benefizj infiniti che mi aveva dispensati, e la mia ingratitudine».