In una lettera di Francesco Spino a Pietro Vettori del novembre 1545 è detto che Simone Porzio nell'Università di Pisa lesse sopra le meteore d'Aristotele, e come finì, molti gridarono Dell'anima, dell'anima, onde di mala voglia trattò quest'argomento, e fallì l'aspettazione. C'è poi una lettera di Paolo Giovio, 20 maggio 1551 a questo Porzio, ove fa un'allusione che si riferirebbe al soggetto nostro, ma che non ben capisco. «Preti riformati si sono scandalizzati, per non dire ammottinati del titolo del vostro libro De mente humana, dicendo che non vuol dire altro in effetto che De libero animæ arbitrio: per il che è restato arenato, e poco mancò che non abbi dato attraverso come le galee del duca Orazio»487. Nel 1567 gli studenti di Pisa appiccarono l'effigie di un santo; fattone processo, l'Inquisizione ebbe ad annunziare che un prete côrso spargeva dottrine ereticali, volendo che agli ecclesiastici si desse moglie, e il costoro celibato derivare non dallo Spirito Santo ma dal diavolo488.
      Serbandoci a dir a parte di Siena, anche in altre città di Toscana difondeasi lo spirito anticattolico, e nel 1564 l'Inquisizione di Roma ammoniva il vescovo di Volterra sopra un'accademia erettasi nella piccola città di San Geminiano da dilettanti di poesia, i quali sostenevano che la volontà può esser forzata dall'amore; gente del resto ignara delle dottrine teologiche489. In questa città, nel 1484 e 85 avea predicato il Savonarola con gran frutto. Nella vicina città di Colle vedremo tener contagiosa abitazione il Paleario.