Il vescovo di Cortona nel 1569 informava il granduca essersi divulgato nella sua città che era proibito tener croci ed immagini, lo perchè molti le ascondevano o distruggevano, e chiedeva i modi di riparare a siffatto delirio490. Nel 1567 il prevosto di Lari, in occasione del Corpus Domini recò in processione l'ostensorio senza l'ostia sacra. Peggio fecero i preti e cherici del Duomo di Pisa, nella messa valendosi d'orina invece del vino; del che abbiam il processo, come altri contro violatori dei conventi491.
      Dipoi gravi disturbi recò la pubblicazione della bolla in Cœna Domini, ridotta all'ultima sua forma, sul qual proposito corsero lunghissimi carteggi.
      Già nel 53 erasi pubblicato in Toscana l'editto della romana Inquisizione contro i libri degli Ebrei, e nominatamente il Talmud. Nel 1558 Paolo IV mettea fuori l'Indice dei libri proibiti, dove inchiudeva non solo gli ereticali, ma quelli tutti scritti da eretici, o stampati da chi n'avesse stampato di eretici, obbligando i fedeli a portarli al Sant'Uffizio. Livio Torello, famoso giuridico, scriveva al Concino segretario del duca, esser troppo indiscreta questa legge, che colpiva i migliori libri, per esempio tutti i classici stampati oltremonte, e recherebbe il danno di centomila ducati alla sola città di Firenze; e consigliava di non attenervisi, come fecero e Milano e Venezia492. In fatto il duca ordinò non tenesse il divieto se non per libri concernenti religione, magia, astrologia giudiziaria, sospendendo l'esecuzione per gli altri: e massimamente impedì che i frati di San Marco bruciassero i libri riprovati che teneano nella loro biblioteca.