A Roma Aonio ebbe grand'amici il Mauro d'Arcano e il Berni, e i suoi versi erano letti con delizia nell'Accademia de' Vignajuoli e in privati banchetti, siccome quel che, nel 1531, diede il Musettola traduttor di Lucrezio, dove non si bevve altro vino che il raccolto a Napoli dalla vigna del Pontano.
      Tornato a Siena, il Paleario sperò esservi fatto professore, ma fu contrariato. Ebbe acerbe contese con uno ch'egli intitola Maco Blaterone, contro del quale pur si avventò Pietro Aretino. Aonio risedeva a Ceciniano e a Colle, ove di trentaquattro anni sposò Maria Guidotti con seicento fiorini di dote: e n'ebbe due figli e due figliuole. Amava disputare sull'anima, e n'ebbe parole con alcuni filosofi, venuti apposta a trovarlo a Colle; ma di ciò l'imputarono gli zelanti, cercando avversargli il popolo e il duca, con quelle arti d'invidia che non rifuggono da infamia veruna. Le loro macchinazioni, i furenti discorsi, le calunniose imputazioni, l'indignazione, l'amor proprio, la mortificazione resero il Paleario invelenito contro i nemici, e le sue corrispondenze512, massime con Lelio Bellanti e Pterigi Gallo, svelano cogl'intrighi degli altri anche l'irrequietudine sua.
      Tutto ciò può aver esacerbato gli animi e predisposto alle persecuzioni che gli costarono sì caro. Sentivasi chiamato a qualcosa meglio che insegnar latino e greco513: ricorreva per protezione o difesa al suo arcivescovo Bandini e al Sadoleto; e viepiù gravato dai mali pubblici, giacchè i Turchi sbarcarono minacciando Orbetello e Siena, lagnasi d'aver dovuto lasciar la patria e ogni cosa diletta.