.. advocat, orat atque obsecrat ut in communem curam incumbant519. Udito l'arresto del Carnesecchi, pensò garantire dall'Inquisizione la sua Accusa contro i papi, e col mezzo dell'Orello ne informò Teodoro Zuinger medico di Basilea; questi lo ringrazia della confidenza, loda la sua volontà di giovar alla causa di Dio, ma dice sarebbe meglio affidata l'opera a qualche maestro in divinità, come Sulcer o Coccejo, nelle cui mani starebbe sicurissima.
      L'Aonio scrisse poi al senato di Milano come fosse accusato dal padre inquisitore a titolo d'un'orazione latina, scritta trentacinque anni fa; per questa vedeasi molestato, e costretto separarsi dai giovani, ad istruir i quali era stato chiamato di Toscana. Ora pressato dall'inquisitore con nuove lettere, di presentarsi a Roma, risponde trovarsi sotto gli ordini del senato, nè poter di sè disporre senza consenso di quello. Benchè vecchio e di debole salute, non ricusa il lungo viaggio, ma non ha denari da farlo e da spegnere prima i debiti contratti, nè da viver a Roma tanto, che abbia dissipata l'ingiusta accusa.
      Non sappiamo se il senato milanese gli concedesse la domanda; fatto è che egli dimorò a Faenza, la qual pure era città papale. Ma nel 1566, pontificando Pio V, frate Angelo di Cremona inquisitore andò arrestar il Paleario, e lo trasse a Roma e nel carcere di Tordinona. Le accuse riduceansi a quattro: che negasse il purgatorio; che disapprovasse il seppellir nelle chiese, preferendo si facesse fuor delle mura; che ponesse in baja il vivere e le foggie monastiche; che attribuisse la giustificazione alla sola fede nella misericordia di Dio, il quale perdona pei meriti di Cristo.