Egli s'affaticò a distorre Carlo V dalla spedizione, che ognun sa come a male riuscisse e dalle concessioni che ai Luterani avea dovuto fare a Ratisbona. In quell'incontro verun disturbo fu recato ai dissidenti che vi dimoravano, tra i quali Pietro Vermiglio.
      L'illustre lucchese Bartolomeo Guidiccioni fu carissimo a Paolo III, che lo indusse ad accettare impieghi, onorificenze e il cardinalato e varj vescovadi, fra cui quello di Lucca, che presto rinunziò al nipote Alessandro. Questi, operosissimo intorno al Concilio di Trento, scrisse assai di materie di diritto, e quando morì, il papa, che nulla mai intraprendeva senza consultarlo, disse saria stato il più meritevole di succedergli per virtù, illibatezza, e scienza. Or egli da Roma nel 1542 scriveva al Governo di quella sua patria: «Qui è nuova per diverse vie quanto siano moltiplicati i pestiferi errori di quella condannata setta luterana in la nostra città; li quali, ancorchè paressero sopiti, si vede che hanno dormito per svegliarsi più gagliardi... Fino ad ora si è potuto pensare che il male fusse in qualche pedante e donne; ma intendendosi le conventicole quali si fanno in Santo Agostino, e le dottrine quali s'insegnano e stampano, e non vedendo fare alcuna provisione da quelli che governano, o spirituale o temporale, nè ricercare che altri la facci, non si puol credere altro se non che tutto proceda con volontà e consenso di chi regge. Onde di nuovo prego le signorie vostre che vi facciano tal provigione, che renda presto tanto buon odore, quando fetore ha sparso e sparge il male: e chi cacciasse con autorità della sede apostolica quelli frati, autori e nutritori già tanto tempo di quelli pestiferi errori, e desse quel loco a chi facesse frutto bono, e castigasse qualcuno di quella setta, saria forse salutifero rimedio.