Pensava dunque sveller d'Italia i papi per piantarvi gli imperatori tedeschi.
      L'anno 1549 di repente si udì che il Sant'Uffizio, informato esser giunti a Lucca molti libri luterani, mandava inquisitore il prior dei Domenicani di San Romano. Sbigottironsi i senatori e il popolo di questo tribunale eccezionale, e ne mossero richiami a Roma per mezzo del cardinal vescovo, e ottennero quell'incombenza fosse affidata al vicario vescovile, assistito dal Governo, senza ingerenze forestiere. Il qual Governo, per mostrarsi zelante, al 24 settembre di quell'anno rivedea la legge contro gli eretici, confermandola, ed estendendo le pene a qualunque libro di religione non sottoscritto dal vicario del vescovo; ognuno sia obbligato confessarsi e comunicarsi; in quaresima non si macelli, nè si spacci carne se non di capretto, vitello o castrato; niuno tenga a servizio persone uscite di convento; a tutto mettendo comminatorie, e provocando a spioneggi. Pure il nuovo vescovo Alessandro Guidiccioni ebbe frequenti contrasti di giurisdizione, dietro ai quali vennero lamenti di negligenza nel vegliare sugli eretici, del lasciar crescere questi al segno, che solo il braccio apostolico basterebbe a sradicarli: l'imperatore stesso ne mosse rimproveri; il Sant'Uffizio a Roma ne' suoi processi trovava continuamente avviluppati alcuni lucchesi e in corrispondenza coi fuorusciti, talchè di nuovo venne istituita l'Inquisizione. E i senatori mandarono Jacopo Arnolfini al papa per assicurarlo sulla sincerità di credenze del Governo, e promettere veglierebbero e punirebbero l'eresia, senza sconcertar la repubblica con quella inusata autorità528.