In fatto riuscirono a rimuover il pericolo; ma per estirpare l'infausto seme si istituì nel 1545 l'uffizio di religione che vigilasse sopra le novità di fede, e ne esistono gli atti nell'archivio lucchese; come sui costumi fu costituito un uffizio dell'onestà e uno della bestemmia che procedette anche contro i giocatori.
      D'ordine del Sant'Uffizio, il vescovo pubblicò un editto, invitando tutti i fedeli traviati a confessar fra tre mesi i loro errori, davanti a testimonj, impetrandone piena assoluzione: trascorso quel tempo, si procederebbe contro i contumaci coll'autorità apostolica, cioè con tribunale eccezionale. Spiaceva come indecoroso quel solenne perdono: spiaceva quella procedura eccezionale, e parea che il breve del Sant'Uffizio esagerasse l'estensione dell'eresia, mentre le dava tanta pubblicità; lo perchè Paolo IV sospese l'editto, commettendo al vescovo di udir in secreto le confessioni (1555). Ma a quel movimento, forse perchè si temesse veder ridotte ad effetto quelle che fin allora non erano state che minaccie, molti cittadini fuoruscirono, tra cui primi Guglielmo Balbani. Francesco Cattani, Girolamo Liena, che era stato nel 1542 multato per aver favorito l'evasione d'un Agostiniano sospetto d'eresia; poi fuggirono Cristoforo Trenta, Vicenzo Mej, Filippo Rustici che a Ginevra tradusse la Bibbia (1562), Giacomo Spiafame vescovo di Nevers; il dottor Nicolao Liena, molto adoprato ne' pubblici affari; Pietro Perna, che posta tipografia a Basilea, moltiplicò edizioni principalmente di Riformati, avendo a correttore Mino Celsi senese; il medico Simon Simoni.