Troppo premeva ai Lucchesi di mostrarsi cattolici zelanti, attesochè Cosimo, ambendo annetterseli sudditi, li denunziava come marci d'eresia: onde, quanti erano domandati dal Sant'Uffizio, consegnavano od obbligavano a grossa malleveria di presentarsi. Di tempo in tempo rinnovavansi i tentativi di stabilir l'Inquisizione ed era non piccolo studio il rimoverla, lasciando anche processare magistrati e persone in grande stima.
      Un Lorenzo Del Fabbro cospirò anzi per mostrar necessaria l'Inquisizione, raccogliendo deposizioni d'uomini vulgari. Se n'accorse il Governo, e fattone processo, il mandò a Roma. Dopo lunghe indagini, il Del Fabbro fu prosciolto, e il senato, secondando l'odio pubblico, tentò bandirlo col pretesto che cercasse trasferir fuori di patria l'arte della lana; ma il Sant'Uffizio si accorse che era un pretesto per vendicarsene, e lo difese.
      Pure, qualvolta capitasse alcun inquisitore, era tenuto isolato per modo, che dovesse presto andarsene: e cercando i Gesuiti di farvisi domandare per diriger l'educazione de' nobil giovani, il senato dichiarò non potersi simil gente ricettare senza manifesto pericolo della repubblica.
      Nel 1561, ad esortazione de' cardinali inquisitori, si raddoppiò d'oculatezza al confine sopra i libri proibiti, dando autorità di aprire i plichi e le valigie provenienti d'oltremonte. Quando Pio IV temette che i molti Lucchesi che viaggiavano in Isvizzera, nel Brabante e in Francia non ne contraessero l'infezione, il senato proibì di stabilire dimora in quelle contrade (1562, 20 gennajo); coloro che abitano in Lione devano tutti insieme comunicarsi il giorno di Pasqua; chi alloggi alcun forestiere, e gli veda far atti o discorsi meno cattolici, lo denunzii: ai dichiarati eretici dello Stato si proibisce di fermarsi in Italia, Spagna, Francia, Fiandra, Brabante, «luoghi ne' quali la nazione nostra suole conversar, abitare e negoziare assai»; e se «vi siano trovati, chiunque gli ammazzerà guadagni per ciascun di loro, de' danari del Comune, scudi trecento d'oro; se bandito, rimanga libero; se no, possa rimetter un altro bandito»530.