Il Beza gli scrisse rimproveri di siffatte e d'altre proposizioni in questa e nell'opera sull'essenza di Dio, ove ripudiava la Trinità; e si diceva credesse nel cielo padre, nella terra madre, e nella forma, cioè nel senso e intelligenza del cielo. In conseguenza dovette andarsene anche da Eidelberga. Postosi a Lipsia professore di filosofia, vi ebbe moglie e la protezione dell'elettore Augusto, che lo nominò suo medico e riformatore dell'Università, ma poco dopo il congedò anch'esso, fosse per le opinioni, o per le solite invidie, per cui molti lo combatteano, e nominatamente Jacobo Schegkio. Ridottosi a Praga, da un gesuita lasciossi convertir al cattolicismo, nel 1581 fece solenne abjura, e promettea scriver a difesa del vero; allora stette alla Corte di Ferdinando II, quindi a quella di Stefano Battori in Polonia e di re Sigismondo. Ma gli emuli non gli cessavano guerra, e nel 1588 Marcello Squarcialupo stampò a Cracovia Simonis Simonii lucensis, primum romani, tum calvinici, deinde lutherani, denuo romani, semper autem athei, summa religio; dov'è appajato all'Aretino; aver insegnato che generatori delle cose sono il cielo e la terra; che il calor del cielo è quel che ogni cosa intende, prevede, dispone, e n'adduce in pruova un simbolo da lui stampato a Vilna.
      Vantavasi d'avere sillogismi, i quali imbarazzerebbero fin san Paolo; eppure i Protestanti lo contano come quello che, dopo Melantone, restaurò la scienza fra essi; altri lo credono calunniato dai nemici, ai quali allude nel suo libro, Scope con le quali si scopano gli escrementi delle calunnie, delle bugie, degli errori, 1589. Scrisse molte opere di medicina, fra le quali una confutazione dell'avvocato Nicolao Buccella chirurgo italiano, anabattista in Polonia, del quale non abbiam altra notizia se non che aveva impugnato i precedenti scritti del Simoni.