Calvino il fece buttar prigione come spergiuro ed eretico, ed esso pregava Dio illuminasse i suoi giudici e stendeva apologie, ma Calvino rinfacciavagli: «Dal tuo ultimo scritto fummo chiariti che hai lo spirito depravato, pien d'intollerabile orgoglio e di natura velenosa, eretico ostinato. Ripeti quanto vorrai che riconosci Cristo per vero Dio: se solo il suo padre è Dio, è il Dio d'Israele, tu lo rigetti apertamente dal posto ove collochi il Padre solo».
      Valentino si ritrattò pienamente, e i giudici sentenziarono: «Benchè la malizia e cattiveria che usasti meriti che tu venga sterminato d'infra gli uomini come seduttore, eretico e scismatico, avendo però riguardo al tuo ravvedimento, noi ti condanniamo ad essere spogliato in camicia, e a piè nudi e testa scoperta con un torchietto acceso in mano, inginocchiatoci davanti, chieder perdono a noi e alla giustizia, detestando i tuoi scritti, che ordiniamo tu ponga di propria mano nel fuoco, come pieni di perniciosa menzogna». Il 2 settembre 1588 Valentino girò in quest'assetto pei trivj facendo ammenda, e giurò non uscir di città: ma appena il potette fuggì in Savoja presso il medico Matteo Gribaldi, ove il seguirono Paolo Alciato e il Biandrata537. Appena fuori, gli scintillò ancora la verità, il solo padre della parola essere il Dio d'Israele; e perchè il balio di Gex l'obbligò a far una professione della sua fede, egli finse ricever quest'obbligo come un'ordinanza, e la fece stampare dedicandola al balio stesso, che perciò cadde in sospetto.