Nel 1566 sostenne al cospetto di tutta la Corte una disputa pubblica, appoggiato da Francesco David; ma questi l'oltrepassò bentosto, non solo negando che Cristo è Dio, ma volendo non fosse adorato; lo perchè il Biandrata gli si inimicò. E già la Polonia era invasa da un'infinità di sètte: per metter qualche rimedio alle quali il Biandrata chiamò Fausto Soccino. Non tardò a guastarsi anche con lui, il quale confessa che il Biandrata avea reso molti servigi alle loro chiese, ma che, per ingraziarsi re Sigismondo Augusto, non solo s'intepidì nel favorire gli Unitarj, ma blandì i Gesuiti. Tant'è antico il tacciar di gesuita chiunque dissente dall'opinione del giorno, foss'anche un antitrinitario! Parve in fatti non si fosse staccato decisamente dal cattolicismo, a segno che la Corte polacca l'adoperò in varie nunziature: gli avversarj lo imputarono d'avarizia; dissero morì d'indigestione, o soffocato da suo nipote Bernardino; nel che Soccino vede «un giustissimo giudizio di Dio, che usa gran severità contro quelli che abbandonano la sua causa per interessi umani».
      Il Graziano, nella vita del cardinal Commendone, ritrae al vivo gli scompigli nati in Polonia per le discordie fra re Sigismondo Augusto e Bona Sforza sua madre, e l'insinuarsi delle opinioni erronee. Ex Germania, Gallia, Italia corruptores aderant, ac prohibente nemine, et inanissime quoque dictis applaudente, sua quisque somnia venditurus, cœtus æmulantium studia profligatæ dottrinæ habebant, et licentia linguæ grassabantur.