Era giá morto Onorio prima che Federico da Brundusio partisse, e dopo lui creato pontefice Gregorio IX nel 1227 di marzo. Questo incontinente avea ammonito Federico che passasse in Soria secondo la promessa, e nondimeno, per quanto scrive Riccobaldo, tentò con ogni via fare parentado con Federico, ma Federico mai possette indurre li figliuoli a consentirli: la qual cosa pare che fusse la prima origine de le discordie tra Gregorio e Federico, e forse fu una de le cagioni per le quali Federico, dubitando del stato, facesse la detta tornata occulta e presta nel reame. La quale intesa, Gregorio subito confermò e aggravò le censure di Onorio contra Federico escomunicandolo e privandolo del reame; e in quel tempo morí Iolante sua donna, lasciando di lei un figlioletto chiamato Corrado.
      L'anno sequente 1228 Federico per l'osservanza de la sua promessa, senza altramente farlo intendere a Gregorio, poi che ebbe ordinate le sue cose del regno e le necessarie per l'andata, partendo d'Italia con potente esercito e arrivato in Cipro e di lí in Iudea, in modo condusse le cose con l'autoritá e con la potenza, che si accordò e fece tregua col soldano, il quale li restituí Hierusalem con tutto il regno ierosolimitano, eccetto alcune poche castelle; onde a mezza quaresima l'anno 1229 fu coronato in Hierusalem e fece riedificare la cittá di Joppa, oggi detta il Zaffo. Il che fatto, mandò lettere di letizia e ambasciatori per tutto il ponente a notificare la recuperazione e composizioni di Terra Santa e specialmente mandò al papa pregandolo, che poi che aveva eseguito la promessa e mandatola ad effetto, volesse assolverlo e riceverlo a grazia.