Con la quale spedizione giunse a San Domingo alla fine d'agosto dell'anno 1500 in tempo che l'Ammiraglio era alla Concezione dando ordine alle cose di quella provincia, dove il prefetto era stato assalito dai sollevati, e ov'era maggior quantità di Indiani e di più qualità e ragioni che nel rimanente di quell'isola. Di modo che il Bobadiglia, non trovando nel suo arrivo persona a cui dovesse aver rispetto, la prima cosa che fece fu di alloggiare nel palazzo dell'Ammiraglio e servirsi e impadronirsi di tutto quello che vi era, come se per giusta successione ed eredità gli fosse toccato: e, raccogliendo e favorendo tutti coloro i quali trovò essere stati dei sollevati, e molti altri che portavano odio all'Ammiraglio e ai suoi fratelli, si dichiarò subito per governatore. E per acquistarsi la grazia del popolo, per pubblico bando fece bandire franchigia per 20 anni, e mandò a protestare all'Ammiraglio che senz'altra dimora venisse ov'egli era, perché così conveniva al servigio dei Re Cattolici. Per conferma di che, per un fra Giovanni della Sera ai 7 di settembre gli mandò una lettera del seguente tenore:
      «Don Cristoforo Colombo nostro Ammiraglio del mare Oceano Noi abbiamo comandato al commendatore Francesco di Bobadiglia, portatore di questa, che vi dica da parte nostra alcune cose. Però vi preghiamo a voler dargli fede e credenza; e ad ubbidire. Data in Madrid, ai 21 di maggio dell'anno 1499.
      IO IL RE. IO LA REGINA. Per comandamento delle loro Altezze, Michele Perez di Almazan».