Come Ferdinando III non era stato buono a salvarsi per sé, molto meno lo fu per salvare Pio VI, che s'era rifugiato in Firenze, credendo d'esser più sicuro, e di sfuggire alle granfie di Napoleone, vivendosene più o meno tranquillo nel convento della Certosa. Appena entrati i francesi in Firenze, furono poste sessanta sentinelle attorno al monastero, che venne guardato anche da uno squadrone di cacciatori a cavallo, affinché nessuno confabulasse più col Pontefice, che si considerava già come prigioniero della Repubblica. Ed il giorno stesso della partenza del Granduca, alcuni ufficiali francesi imposero al papa di partire alla volta di Parma, poiché tali erano gli ordini del Direttorio. Per conseguenza, la notte seguente, Pio VI, col cardinale Laurenzana arcivescovo di Toledo, monsignore Spina arcivescovo di Corinto, monsignor Caracciolo maestro di camera, l'abate Marotti, un medico, alcuni preti e pochi domestici si preparò a partire alla volta di Bologna, per proseguire il viaggio fino a Parma, e di lì a Valenza nel Delfinato, ove doveva star prigioniero.
      La partenza che era stata tenuta segretissima, ebbe luogo a mezzanotte. Le carrozze ed i furgoni erano preceduti da tre cacciatori a cavallo; agli sportelli della carrozza ov'era il Papa c'erano altri due cacciatori, con una torcia accesa; seguiva il resto dello squadrone, e poi le carrozze dei prelati e dei servitori.
      Dopo la partenza del Granduca e di Pio VI, ed instaurato così alla svelta il nuovo regime, e dopo aver piantati gli alberi, poiché non ci poteva esser repubblica senz'albero, che spesso avrebbe potuto esser quello di Giuda, s'incominciò a disfare il vecchio per rifare il nuovo, con una confusione, ammirabile.