Ma non è ugualmente chiaro, secondo le opinioni comunemente accettate, come la struttura dell'embrione possa essere più importante, a questo scopo, di quella dell'adulto, il quale soltanto compie interamente il proprio ufficio nell'economia della natura. Pure due naturalisti eminenti, Milne Edwards e Agassiz, hanno vivamente propugnato il principio che i caratteri embrionali siano i più importanti di tutti nella classificazione degli animali; e questo fu generalmente ammesso. Ma la loro importanza venne talvolta esagerata, giacchè non furono esclusi i caratteri di adattamento delle larve; così Fritz Müller, per dimostrarlo, ha classificato la grande classe dei crostacei unicamente secondo le differenze embriologiche, ed ha trovato che tale classificazione non sarebbe naturale. Però in generale può sostenersi che i caratteri desunti dall'embrione sono di grandissimo valore non solo negli animali, ma anche nelle piante. Il medesimo fatto si verifica nelle piante fanerogame, delle quali le due principali divisioni vennero fondate sui caratteri tratti dall'embrione, - sul numero e sulla posizione delle foglie embrionali o dei cotiledoni, e sul modo di svilupparsi della piumetta e della radichetta. Nella nostra discussione sull'embriologia vedremo per quale motivo questi caratteri siano di tanta importanza, nel concetto che la classificazione tacitamente include l'idea della discendenza.
      Le nostre classificazioni sono spesso influenzate manifestamente dalla catena delle affinità. Nulla può essere più facile del definire un certo numero di caratteri comuni a tutti gli uccelli; ma nel caso dei crostacei questa definizione si è finora trovata impossibile.