Gli argomenti opposti alla mia teoria dell'elezione naturale furono discussi nel mio libro sull'Origine delle specie, per quanto lo permise l'estensione di quell'opera. I principali sono: la difficoltà nel comprendere come un organo semplicissimo divenga gradatamente un organo altamente perfetto e complesso; i fatti meravigliosi dell'istinto; - la complicata quistione dell'ibridismo; - e per ultimo l'assenza, nelle nostre formazioni geologiche conosciute, di innumerevoli anelli intermedi che colleghino fra loro tutte le specie. Benchè alcune di queste difficoltà siano di gran rilievo, vedemmo che molte si ponno spiegare colla teoria della elezione naturale, senza della quale sarebbero inesplicabili.
      Nelle scientifiche investigazioni è permesso ammettere qualche ipotesi, la quale poi si leva al rango di teoria bene stabilita, ove riesca a spiegare varie classi di fatti ampie e fra loro indipendenti. Le ondulazioni dell'etere e la sua stessa esistenza sono ipotetiche; nullameno la teoria delle ondulazioni della luce è universalmente accettata. Il principio della elezione naturale si può considerare come una mera ipotesi; resa però probabile da quanto sappiamo con certezza intorno alla variabilità degli esseri organici allo stato di natura, intorno alla lotta per la esistenza (colla conservazione delle variazioni utili che ne consegue quasi inevitabilmente), e intorno all'analoga formazione delle razze domestiche. Ora il miglior modo di considerare la quistione si è di mettere alla prova questa ipotesi, e vedere se essa ci possa spiegare parecchie ed ampie e disparate classi di fatti: come sarebbero la successione geologica degli esseri organici, la loro distribuzione in passato ed ai tempi nostri, e le loro naturali affinità ed omologie.