Essa riprende le tradizioni d'Innocenzo III, turbate in Italia dal classicismo, dal risorgimento, padre della tolleranza; la già promessa riforma si compie all'inversa, cioè nella inquisizione. Non restava altro scampo. L'Italia sfuggiva a Roma. Gli uni, quelli che più erano dominati da un religioso sentimento, disertavano per ischierarsi sotto il vessillo della Riforma; gli altri, che filosofando niegavano le religioni positive, sperdevano il resto. Tutte le finzioni ecclesiastiche avean perduto tra le classi colte il loro prestigio; la nuova critica teologica e storica smantellava i diritti canonici; la scienza già confondeva i miracoli; e il discorrere non giovava che a far palese il male, ad accrescere e numerar le ruine. Onde Roma, sopprimendo la discussione, tentò salvarsi col ferro e col fuoco. E si salvò.
      L'inerme propaganda dell'intelligenza colla parola, la quale dee guerreggiare non armata che di ragioni, sue spade, è concetto moderno. Invano Gesù, sorpassando profeticamente secoli molti, proclamò e definì primo una spirituale potenza, sostenendola col martirio della croce, dimostrandola col trionfo de' suoi pescatori. Ciò non conobber gli antichi, e il medio tempo non seppe; la tolleranza anche verso i nemici delle proprie opinioni, da non confondersi con la pratica indifferenza dell'antica Roma, è legittima e santa figliuola del risorgimento, che raccolse nel suo sorriso, nella sua luce, nelle sue speranze tutte le cose, anche la religione. Ben vide, il Caraffa, uom convinto e di fede, che bisognava cancellare questo concetto; lo presentì Michelangelo nel dipingere la vôlta Sistina, e chiaro predisse nel 1537 il terrore, che dopo l'eccidio fiorentino gli possedeva la fantasia, imaginando quel giudizio finale, che ha forse ispirato l'anima pia e furibonda di Paolo IV. Le religioni che unicamente si puntellano sull'entusiasmo, sull'inerme intelletto, sull'ideale speranza, posseggono mezzo l'uomo.