Il pontefice non facea che confermare il grande Inquisitore di Spagna, eletto dal re cattolico. Esso tribunale è formato da sei giudici, tutti cardinali, e da varii consultori, frati e canonisti espertissimi, che sostengono l'ufficio di avvocati, esaminano i libri, i dogmi, i sentimenti e le azioni deferite a quel tribunale. Vi erano due segretari ed un procuratore fiscale, l'unica persona che potessero tutti gli accusati conoscere. Gli accusatori restavano anonimi sempre; e tutti potevano esserlo, anche la gente infame, anche i galeotti. Grandissimo il numero degli officiali minori, onorati di privilegi cospicui, volendo il Caraffa desiderati e contesi que' posti, perchè anche la terrena cupidigia, facendosi delatrice e birro della cattolica fede, diventasse stromento al trionfo della Chiesa. Tutti i gravi negozi anche non religiosi notificavansi alla Congregazione del Sant'Ufficio, avendo per tutto chi guardasse ed ascoltasse per lei; quindi mescolavasi in ogni faccenda, intimava i suoi ordini agli stessi governi, che il più delle volte vi ottemperavano. La Chiesa non badando che al vantaggio delle anime, poco o nulla importavano le guarentigie temporali dell'accusato; perciò la congregazione regolava le procedure a suo modo, prescriveva ogni forma di giustizia, aboliva le antiche leggi e ne creava delle altre; determinava un'infinità di nuovi delitti. E perchè i vari inquisitori fossero celeri nel condurre i loro processi e nel condannare, erano indipendenti gli uni dagli altri; la congregazione romana solo riserbandosi di terminare le differenze, che tra tribunale e tribunale sorgessero.