Non seppe respingere l'inquisizione, benchè le ragioni della sua floridezza fossero motivi a respingerla. Per le industrie e pel commercio che ancora in Venezia duravano, accorrevano molti forestieri dal Levante e dalla Germania, scismatici, eretici, e anche musulmani; libera quivi l'arte libraria fioriva, in quell'epoca vi erano duecento stampatori; in Venezia all'onnipotenza inquisitoriale opponevasi la stessa natura del governo, aristocratico intieramente e quindi geloso. Pure Venezia, che già declinava, non ardì opporsi direttamente; si cercò un mezzo termine per levare al tribunale romano l'onnipotenza. Il Consiglio de' Dieci scelse tre nobili, detti Savi all'eresia, perchè vigilassero l'officio dell'inquisizione, intervenissero a' suoi consigli, onde senza il placito loro gli atti non potessero ricevere esecuzione. Era nondimeno profonda la ripugnanza, e tale che si discusse un momento di contrarre una lega co' Protestanti; ma la Signoria, questi vinti, per non ritrovarsi solitaria in mezzo a nemici, s'affrettò nel dar segni di ortodossia; e nel 1848 risuscitò un ordine vieto del 1520, pel quale nello spazio d'una settimana si consegnassero tutti i libri eretici; abbandonò lo Zanetti all'inquisizione; poi successe la prigionia e la morte del Lupettino, e cento altri fatti che in parte Roma acquetarono. Però Venezia astrinse l'inquisizione a non occuparsi degli stranieri acattolici, in ispecie tedeschi, che ivi fossero pei commerci loro. Ma gl'indigeni dovettero per intiero sottomettersi alla fede romana.