Con questo denaro, e con quello che andavasi riscuotendo da’ donativi, fortificò il Gonzaga le città marittime, e particolarmente quella di Messina, dove gli fu di mestieri il far diroccare case, chiese, e conventi, e di far spiantare giardini, e vigneti, affine di renderla impenetrabile a’ nemici.
      Mentre il vicerè Gonzaga si affaticava a mettere la Sicilia, e particolarmente Messina, Siracusa, ed Agosta in istato di difesa, l’imperatore era intento ad armare in mare una poderosa flotta per opporla all’armata di Solimano. Il Doria ebbe ordine di mettersi alla vela colle sue galee, e di andare prima a Napoli, dove avrebbe trovate le navi, e ventiquattro triremi di Spagna. Il pontefice Paolo III vi mandò ancora le sue galee. Con questa armata partì da Napoli il Doria, e venne a Messina, dove giunse ai 4 di luglio. Il vicerè Gonzaga lo accolse cortesemente, e conferì con esso intorno alle presenti circostanze, mostrandogli quanto avea finora fatto per mettere in sicuro il regno di Sicilia.
      Partito il Doria per andare incontro alla flotta ottomana, il Gonzaga lasciò Messina per portarsi in Palermo, affine di fortificare anche questa città capitale del regno (809). In questa occasione fe’ egli fabbricare un baluardo di pietra al luogo detto S. Maria dello Spasimo, ed un altro alla porta di Carini. Ne fe’ anche edificare due altri di terra piena, l’uno alla porta di S. Agata, e l’altro fra la porta di Carini, e quella di S. Giorgio. Fe anche dirupare le contramuraglie, che erano attorno alla città, e vi fe invece di esse delle profonde fossate.