Poco durò nel nuovo governo della Sicilia Giovanni de Vega. Gli aspri modi, ed il rigore, con cui trattava i Siciliani per ogni menoma mancanza, aveano irritati i loro animi, i quali, passando la corona di Sicilia sul capo di Filippo II, raddoppiarono i loro ricorsi, che inutilmente per lo addietro aveano fatto arrivare al trono del di lui padre, ed assordando le orecchie di questo sovrano lo mossero a compassione, e lo indussero a richiamarlo per rendere conto della sua condotta. Partì, comunque sotto il pretesto di sua infermità, a’ 3 di ottobre, e andò a Trapani, dove si trattenne sino alla fine del mese di febbraro 1557, sebbene avesse cessato di governare a’ 23 di esso mese, dopo di che prese possesso di presidente del regno il cardinale Pietro Aragona, e Tagliavia arcivescovo di Palermo. Imbarcatosi di poi sulle galee di Malta prese la via di Madrid, dove arrivato, conoscendosi giusti i lamenti de’ Siciliani, non fu più rimandato, avendo il re Filippo eletto per suo successore, come diremo nel seguente capo, Giovanni della Cerda duca di Medinaceli.
      Sarebbe stato il Vega la delizia della nazione siciliana, se alle virtù, di cui era adorno, avesse saputo unire la discrezione, e l’equità. Fu egli protettore de’ letterati, desioso di sollevare meschini, le lagnanze de’ quali volentieri ascoltava, e nemico delle prepotenze. Amava la giustizia, odiava la calunnia, e avea a cuore la salute degl’individui, prendendo particolar cura de’ pubblici ospedali. A lui debbonsi le vie del regno rese più comode per il traffico interno; a lui i ponti per la sicurezza de’ viandanti, quando sboccano i fiumi, e i torrenti; a lui le molte fortificazioni fatte in Sicilia, per le quali restò il regno assicurato dalle incursioni; a lui le torri di avviso, che abbiamo mentovate.