Non dispiacque l’allontanamento delle truppe, ma rincrebbe il vedere spogliate dei cannoni le fortezze della città. Bisognò nondimeno ubbidire, e i bronzi dei bastioni furono in parte consegnati il giorno seguente 27 del mese al castellano di Castellammare, e in parte furono trasportati al regio palagio per servir di difesa ai due forti, che vi si erano edificati. Ciò, che allora recò la maggiore meraviglia, e addimostrò, come le cose avessero cambiato di aspetto, fu il vedere i consoli stessi, e gli artisti non solo guardare con occhio indifferente questo trasporto, ma dare eglino stessi la mano ad affrettarne l’esecuzione.
      Dopo che il cardinale ebbe compita ogni cosa, e tarpate le ali a’ sediziosi, il serenissimo Giovanni d’Austria per mezzo del suo segretario Leguja, gli fe presentare il dispaccio, con cui egli veniva eletto vicerè di Sicilia, e l’altro, con cui esso cardinale veniva promosso al viceregnato di Sardegna con una pensione inoltre di quattro mila scudi annuali (1591), e lo pregò a mandargli in Messina i ministri necessarî per dargliene il possesso. Fu subito compiacciuto, e il protonotaro, l’auditore generale, il consultore, e tre dei giudici della gran corte partirono sulle galee di Sicilia ai 23 di dicembre ed arrivarono a’ 28 in Messina (1592).
      Prima che terminasse il governo il cardinal Trivulzio, per le premure fattegli dal segretario del serenissimo Giovanni d’Austria affine di cercarsi il modo di mettere in istato di servire la flotta reale, che era in Messina, e dovea risarcirsi, essendo l’erario regio esausto, eresse una deputazione di ministri, perchè trovassero il denaro necessario a quest’uopo.