I Rotuli dello Studio, o, come si direbbe oggidì, i programmi dei corsi, fino a noi pervenuti dimostrano che l'insegnamento pubblico di Galileo, rimasto "ad libitum" nel primo anno, non uscì nei successivi dalla cerchia consuetudinaria degli argomenti che venivano letti dalla cattedra di matematica di quel tempo in tutte le università italiane: cioè, la Sfera, intendendosi con essa i principii della cosmografia, la teoria dei pianeti, l'Almagesto di Tolomeo, gli Elementi di Euclide e le Questioni meccaniche di Aristotele.
      E benchè nella opinione copernicana circa il moto della terra, possa dirsi che Galileo fosse venuto fin dal suo primo applicare a questi studi; ed anzi sia lecito affermare ch'egli n'avesse intuita la verità prima ancora d'aver raccolto le prove necessarie a dimostrarla, non è dubbio ch'egli non ne fece tema del suo insegnamento pubblico, e forse nemmeno di quello privato, confidandosene soltanto coi più intimi e trattandone nel carteggio. Mercè quella ipotesi, come allora si preferiva chiamarla, gli si facevano bensì chiare le cause di molti fenomeni naturali d'altronde inesplicabili; ma, come dichiara nella prima sua lettera al Keplero, dal manifestare pubblicamente il suo pensiero in proposito, si tratteneva per timore di dividere le sorti del Maestro, deriso e beffeggiato.
      Perchè nel propugnare il sistema copernicano non si trattava solamente di cogliere in fallo Aristotele e Tolomeo, ma bensì di demolire quel complicato edifizio che, di fronte alla semplicità del sistema sostenuto dal canonico di Thorn, appariva mostruoso; si trattava di una immensa rivoluzione nell'ordine scientifico e religioso, della cui portata può soltanto fornire una adeguata idea la persecuzione della quale fu oggetto il sommo nostro filosofo.