Munito di valide commendatizie del Granduca, partiva Galileo per Roma tra la fine del novembre ed il principio del dicembre 1615, ed appena arrivato dovette convincersi che i suoi timori non erano infondati; e mentre egli si lusingava di riuscire in breve a trionfare dei suoi nemici, poco appresso dovette riconoscere che l'opera della sua giustificazione non procedeva così liscia come se l'era immaginato: chè anzi la bisogna gli si affacciava irta di difficoltà.
      Le corrispondenze del tempo ci dipingono in questa congiuntura Galileo affaccendato, più che nel difendere la incriminata opinione, a convincere altrui della aggiustatezza di essa. È datato dal Giardino de' Medici sotto l'8 gennaio 1616 il Discorso del flusso e reflusso del mare al cardinale Alessandro Orsini; del 20 febbraio è la lettera al Duca Muti sulle montuosità della luna e sulla impossibilità che siano in essa corpi organici come in terra, ed oltre a questi, numerosi e di grande momento per la storia della vertenza sono gli scritti ch'egli compose in tale occasione, palesandosi schiettamente copernicano e rilevando come il canonico di Thorn avesse tenuta la mobilità della terra intorno al sole, non come ipotesi, ma come indubitabile verità.
      Di fronte a questo agitarsi di Galileo ed al continuo guadagnare nuovi proseliti ch'egli andava facendo, l'Inquisizione affrettò segretamente la sua procedura; e mentre egli si aspettava d'esser chiamato a difendere altri e si illudeva nella credenza che il tremendo Tribunale volesse essere da lui illuminato, e preparavasi a sfoderare i suoi migliori argomenti, si agiva proprio contro di lui come principale accusato così pericoloso da doverglisi perfino negare il diritto di difesa.