Le regole del suo metodo sono le seguenti: «1.° Non ricevere mai alcuna cosa per vera, a meno che non sia per tale riconosciuta, sì che il dubbio diventi impossibile. 2.° Dividere le difficoltà in tante parti numerose quanto si può ed è richiesto per meglio scioglierle. 3.° Procedere con ordine cominciando dagli oggetti più semplici e più facili a conoscersi. 4.° Fare dovunque enumerazione sì complete e riviste sì generali, che ne restiamo assicurati di nulla aver ommesso.» Queste regole sono equivoche. Le tre ultime riescono scolastiche, incerte e di mera prudenza nell'applicazione. Come sapere se tutte le difficoltà sono divise? se l'ordine è vero, naturale? se l'enumerazione è compiuta? se nulla fu ommesso o trascurato? Qual uomo non si propone di ben riconoscere le difficoltà? chi ricusa di procedere con ordine? chi vuoi fare enumerazioni incompiute? Nessuno: le tre ultime regole abbracciano dunque la precisione della matematica e quella di una scienza senza rigore e permettono egualmente il dubbio e il dogma. La prima regola più rigorosa reclama l'evidenza: quale evidenza? Quella dei fatti o quella dell'identità, della equazione, della deduzione? Descartes scambia la prima colla seconda, varia colle occasioni, or logico or trascinato dalla materia della logica.
      Nell'equivoco Descartes sperava l'equazione dell'universo; sperava l'evidenza di una premessa e di una deduzione, l'intuito della verità prima, e delle sue conseguenze. Tale convinzione vien supposta dal suo dubbio: Descartes dubita dei suoi pensieri e non del pensiero, è incerto delle sue cognizioni; non lo è della matematica, nè della logica, nè della ragione.Il suo dubbio si limita ad avverare la possibilità dell'errore, la nostra fallibilità. Descartes non spinge l'analisi fino a separare la qualità dalla sostanza, la causa dall'effetto; non interverte le tesi, non dimostra la contraddizione che strazia l'alterazione, il rapporto, la materia e lo stesso pensiero, fatta astrazione della nostra fallibilità e pensa solo all'errore; divenendo dogmatico, non cerca se non di vincere l'errore colla forza dell'equazioni dedotte dal suo pensiero.