La scienza della natura non si è svincolata dalla metafisica se non da qualche secolo; la scienza e la metafisica stavano talmente intrecciate, che la storia della scienza leggesi in quella della metafisica. Il deismo fu l'ultima schiavitù subita dalle scienze naturali: quando si videro i numeri, gli atomi, i semi impotenti a rivelare la sognata equazione dell'universo, quando poi fu posto in Dio il primo principio di quanto appare, fu data un'intenzione ad ogni evento, un pensiero ad ogni cosa, e fu stabilito un infinito errore, di cui le traccie restano oggi nello stesso ateismo. Di là il pregiudizio de' naturalisti che deificano la natura, da Vanini chiamata regina e dea dei mortali: anche dopo riconosciuta la non esistenza di un Dio re dell'universo, venne supposta al mondo un'intenzione, quasi avesse un anima, o fossero noti i suoi pensieri, o fosse noto il fine della natura. Quindi disconosciuta la guerra universale degli esseri, le stragi della natura, che viene osservata col proposito deliberato di non vederne il male, di non conoscerne se non il bene, di trasportare i nostri miseri concetti al creato intero, e di volerlo tutto inteso alla nostra felicità. Quindi l'ipotesi delle scempie finalità supposte negli esseri ad ogni incontro fortuito o misterioso, sempre spiegato coi nostri pregiudizi, dimenticandosi che l'aria è creata per noi, quanto noi per l'aria; il maschio per la femmina, quanto la femmina per il maschio, l'uomo per la terra, quanto la terra per l'uomo; le fiere per divorarci, quanto noi per distruggerle: chè non havvi dato, non indizio, non sintomo alcuno per isvolgere gli esseri piuttosto in una serie progressiva, che in una serie retrograda o circolare.