Finalmente, dopo venti anni di lavoro, l'opera comparve d'un tratto in quattro volumi nel 1723; e al certo, qualunque sentimento l'autore avesse in sè, egli si attendeva ad una lettura assidua, a una discussione scientifica, ad allori accademici, a una gloria che la natura del libro respingeva in un lontano avvenire. Ma un malefizio sconcerta ogni previsione. A capo di pochi giorni il suo nome è nella bocca di tutti, il popolo lo addita come il più grande tra gli empi, il clero si scatena contro di lui dal pulpito; egli non può avventurarsi nelle piazze, nelle vie, nelle chiese, senza arrischiare la vita; l'arcivescovo scomunica il suo stampatore, e la sua causa diventa la causa della curia, che delusa nell'antico diritto di censura, gli volta contro tutti i fedeli, il regno intero. Gli amici si raffreddano, i sostegni gli mancano, e ogni speranza svanisce, quando si sparge la voce che oramai san Gennaro rifiuterà il solito miracolo del sangue, abbandonando ad ogni più estrema calamità la sua prediletta Napoli, colpevole di accogliere nelle sue mura un uomo che nega tutti gli articoli della religione romana. Una scomunica affissa con scellerata pubblicità ne' luoghi più popolosi, designava Giannone alla vendetta generale.
      In questo frangente lo storico si presentò al cardinale Althan, vicerè dell'Austria, prelato distinto e superiore d'assai alla plebe ed al clero di Napoli. Inutilmente aveva egli già espulso un gesuita, nemico furente di Giannone: inutilmente pure aveva ordinato un simulato sequestro della Storia civile onde acquietare i fedeli.