Posto nella necessità, o di perseguitare un innocente o di reprimere il popolo: "Partite, disse egli allo storico, risparmiate a voi ad a noi un disastro"; e, diffidando d'ogni impiegato indigeno, gli diede direttamente un passaporto per Vienna, affinchè nessuno dagli uffici potesse insidiarlo.
      Per via l'infelice ben potè accorgersi quanto orrore destasse il suo nome, e quanta fosse ovunque l'ansia per sapere se il santo accorderebbe la prossima liquefazione del sangue suo. Giunto a Manfredonia, stette per essere carcerato dalla curia: rifugiato a Barletta, vi risvegliò pure dei sospetti; riparato nelle saline vicino a Barletta, vi trovò subornato dal clero il capitano della nave che doveva trasportarlo a Trieste, e dovette ascrivere a sua fortuna che, più avido che credulo, costui si contentasse (dice la biografia stampata a Venezia) di fargli pagar caro il pericolo di inimicarsi con Dio sul mare. Il fuggitivo non trovò sicurezza che a Trieste, a Lubiana; non respirò che a Vienna, dove, vinte le prime difficoltà del paese, ottenne la protezione imperiale e una pensione di mille fiorini sulla segreteria delle Due Sicilie. Si può anzi affermare che egli rimase inferiore a' suoi protettori di Napoli e di Vienna, perchè tanto gli uni come gli altri volevano sostenere essere stata legalmente pubblicata la Storia civile senza il permesso della curia e volevano intentare un processo all'arcivescovo suo persecutore; ed egli mancò loro ed a sè stesso chiedendo direttamente l'assoluzione, che gli venne accordata per far cadere il processo.