Il marchese d'Ormea avrebbe voluto compiere l'opera facendo condurre il prigioniero legato fin dentro di Roma, in mezzo a un distaccamento di dragoni, come lo aveva promesso; ma questo suo estro, come lo chiama in una sua lettera all'Albani, non potè aver seguito essendovisi opposto il re, la cui dignità sarebbe stata troppo vilmente sacrificata, e fu stabilito per compenso che Giannone rimarrebbe a perpetuità nelle fortezze del regno.
      A capo di due anni, trasportato a Torino, vide entrare nella carcere un prete dell'oratorio, il padre Prever, che gli disse: signore, il re mi accorda sei mesi per operare la sua conversione, ma qualunque sia l'esito mio, non speri di uscire da queste mura, e solo pensi all'anima sua. Dovette credersi il prigioniero in mezzo ai briganti, e siccome il diritto romano, che era il suo Vangelo, gli insegnava che ogni dichiarazione fatta sotto l'impero della forza maggiore è nulla, egli rientrò nel seno della Chiesa non poteva desiderare una più categorica disdetta.
      Lo storico dichiarò di conferire spontaneamente dinanzi al tribunale del santo ufficio per sgravare la sua coscienza e di sottomettersi in tutto e per tutto alla santa Chiesa e al suo tribunale. Variamente interrogato, egli rispose sempre cattolicamente. Sforzato di specificare i suoi delitti, 1. desiderò che fosse annullata la Storia civile; 2. che si spegnesse affatto la memoria, d' una risposta da lui fatta al padre Sanfelice; 3. ritrattò, condannò, abjurò, e detestò tutte le proposizioni scandalose, temerarie, false, contumeliose, erronee e prossime all'eresia del suo libro sui dicasteri di Vienna; 4. dichiarò che i venti volumi dei suoi manoscritti e le sue operò(26) inedite non avrebbero mai dovuto tenersi in casa di un fedele, e 5. finalmente rese grazie prima a Dio del lume che gli aveva dato per fagli conoscere i suoi errori, poscia alla real maestà di Sardegna e suoi ministri che lo avevano fatto arrestare perchè nel misero stato in cui si trovava poteva cadere in altri errori.