Restituito in Lombardia si fece conoscere per tante bellissime composizioni, che lo collocarono fra gli eccellenti maestri de' nostri tempi. Venne ricercato in Milano per diverse cappelle ecclesiastiche, ed ottenne pure il posto di primo maestro accompagnatore al cembalo nel gran teatro della Scala.
      Ciò che distingue le sue composizioni si è che le buone regole vi sono mai sempre unite alla vera espressione. I suoi Drammi teatrali, che pose sulle scene in Milano ed in Roma, ottennero i più grandi applausi. Nella sua musica da chiesa tanto a cappella, che concertata, si trovano i veri modelli del bello e della perfezione. Le sue composizioni da camera poi confermano vie più il suo talento. Tante sonate per piano-forte e tanti variati pezzi per gli strumenti da arco, e soprattutto sei quartetti intitolati: I Divertimenti della campagna, racchiudono molta invenzione, grazia ed espressione.
      Questo virtuoso filarmonico fu quegli che ottenne il premio della medaglia d'oro del valore di cento zecchini, che fu destinato dal General in capo Bonaparte, nel 1797, all'autore della miglior sinfonia funebre in onore del General Hoche. Per la circostanza dell'Incoronazione di S. M. L'Imperatore de' Francesi e Re d'Italia compose il Minoja un Veni Creator ed un Te Deum, i quali pezzi furono eseguiti nel duomo di Milano con un'orchestra di due cento cinquanta parti. Si distinse altresì con una famosa cantata eseguita nel gran teatro alla Scala in occasione delle fauste Nozze di S. A. I. il Principe Eugenio Napoleone Vicerè d'Italia, ed in varie altre ragguardevoli circostanze.