Palestrina fu la loro sede principale, e tutti i paesi circostanti passarono sotto la loro giurisdizione.
      Nel secolo XIII cominciò la loro potenza e la loro grande influenza in Roma, dove già da molto tempo possedevano un palazzo presso la chiesa dei Santi Apostoli, nella regione di Via Lata. Cardinali di questa famiglia ebbero parti importanti in questo secolo, e la storia degli Hohenstaufen ricorda spesso i Colonna come ardenti ghibellini in Roma. Chi ignora la parte da essi avuta nella caduta di Bonifacio VIII?
      Nel XIV secolo, durante l'esilio dei papi ad Avignone, lottarono senza tregua per la signoria su Roma coi potenti Orsini, che[61] d'allora in poi, furono loro costanti nemici ed amici dei papi. Rifulse in questo periodo, quale capo della casa, il vecchio Stefano Colonna. A lui Petrarca indirizzò sonetti ed epistole.
      Fu in questo secolo che si separarono i due rami di Palestrina e di Paliano.
      Nel secolo XV crebbe ancora la potenza della casa, prima per i grandi favori di Ladislao re di Napoli e di Giovanna II, e poi per l'elezione a papa di Ottone Colonna, sotto il nome di Martino V. I Colonna ottennero dunque molti feudi nel reame di Napoli, principalmente il ducato dei Marsi (da cui presero il titolo di: Marsorum dux), la contea di Celano e quarantaquattro villaggi e castelli.
      Ai tempi di Sisto IV vennero in guerra con la Santa Sede; Girolamo Riario, nipote del papa, assediò Paliano, ma l'assedio fu tolto in seguito alla morte improvvisa del pontefice. Del pari guerreggiarono con Alessandro VI, e durante quegli anni la campagna romana fu quasi sempre desolata dalle armi.