Fu il ramo di Paliano che in questo periodo diede gli uomini più illustri della famiglia. Ricorderò solo Fabrizio, primo connestabile della casa, e i suoi due figli, Ascanio (1522-1553), marito di Giovanna d'Aragona, e Vittoria, moglie del marchese di Pescara, Ferdinando d'Avalos.[62] Marcantonio, figlio di Ascanio, rinomato come uno dei vincitori della battaglia di Lepanto. Nessuno poi ignora quale parte ebbe prima di ciò Pompeo Colonna nelle disgrazie di Clemente VII e nel sacco di Roma.
      Verso la metà del secolo XVI i Colonna furon minacciati da un grave disastro: venuti in dissidio con Paolo IV, furon da questo papa, di natura irritabile, spodestati di tutti i loro dominî, come già lo erano stati da Bonifacio VIII. Il pontefice eresse Paliano in ducato e lo donò a suo nipote Giovanni Caraffa. Marcantonio, capo della casa Colonna, si difese e, con l'aiuto del duca d'Alba, percorse la campagna romana per riconquistare i suoi possessi: da ciò ebbe origine la famosa guerra fra Paolo IV ed il re di Spagna, conosciuta sotto il nome di "Guerra della Campagna". Essa terminò nel 1557 con la pace di Cave (presso Genazzano), negoziata fra il duca d'Alba e il cardinale Carlo Caraffa. Solo dopo la morte di Paolo IV però, Marcantonio potè rientrare nel possesso de' suoi beni; tutti coloro che se ne erano impossessati fecero un'orribile fine. Giovanni, duca di Paliano, fu decapitato a Roma nella Torre di Nona, e il cardinale Caraffa fu strangolato in Castel Sant'Angelo.
      Marcantonio può ritenersi come l'ultimo[63] dei Colonna potenti: egli morì a Paliano nel 1584. Dopo di lui le cose cambiarono; i baroni cessarono di guerreggiare col papato ed i loro beni cominciarono ad assottigliarsi a poco a poco, per le vendite a cui furono costretti dai debiti.