La sua guerra contro gli Orsini ebbe però un esito inatteso e segnò uno splendido trionfo per questa casa minacciata da tanta rovina. Mentre Virginio languiva in un carcere a Napoli, dove poco dopo morì di veleno, difendevano eroicamente il suo castello di Bracciano il giovane Alviano e sua moglie Bartolomea, sorella di Virginio. Gli assalti degli assedianti, guidati dal duca Guidobaldo di Urbino e dal figlio del papa, Giovanni di Gandia, furon respinti. Altri Orsini recarono soccorso e l'esercito papale soffrì nel gennaio 1497 una sanguinosa sconfitta presso Soriano. Il papa dovette concludere la pace e gli Orsini rimasero signori di Bracciano e di tutti gli altri possedimenti patrimoniali.
      Ancora una volta essi furono molestati da Cesare Borgia; ma neanche a lui riuscì di espugnare la forte rocca di Bracciano e finalmente la morte di Alessandro liberò gli Orsini dagli imbarazzi.
      Essi durarono quivi ancora per due secoli, mentre il secondo ramo di Anguillara si spense fin dall'anno 1548. Pio IV[353] inalzò Bracciano a ducato nel 1560, a favore del pronipote di Virginio, Paolo Giordano Orsini, uomo, come il suo contemporaneo Sampiero, dalle passioni violente: in lui apparve per l'ultima volta la natura impetuosa della sua stirpe. Combattè gloriosamente a Lepanto. Era sua moglie Isabella, figlia di Cosimo I di Toscana che viveva quasi sempre da lui separata; sul conto di lui si narravano cose incredibili. Un giorno Paolo Giordano la strangolò con le sue mani nel suo castello di Cerreto in Valdarno nel 1576. In Roma s'innamorò poscia follemente della bella Vittoria Accoramboni, moglie di Peretti, un nipote di Sisto V, in quel tempo ancora cardinale; una notte nel giugno del 1583 fece assassinare nel Quirinale il Peretti e tre giorni dopo il fatto Vittoria fuggì, con sua madre, nel palazzo Orsini, presso l'assassino di suo marito.