Nessun metodo generale e razionale di estrazione si conosceva. Scheele invece portò anche in questa parte della chimica una viva luce.
      Non bisogna dimenticare che sino verso il 1770 le principali operazioni di molti chimici consistevano nel distillare a secco delle parti di piante o di animali, senza ricavarne mai nessuna conclusione sicura. Scheele invece pel primo applicò razionalmente l'uso dei solventi per separare le sostanze organiche; separava, ad esempio, le sostanze solubili nell'alcol da quelle insolubili nell'alcol, ma solubili nell'acqua.
      Gli acidi così detti vegetali, quali il tartarico, citrico, malico, ossalico, ecc., si estraggono ancora adesso con dei metodi che sono quelli indicati da Scheele. Per l'estrazione degli acidi organici insegnò tre metodi generali:
      1) Trattamento con carbonato di calcio e quindi trasformazione in sale di calcio insolubile, che poi si decompone con acido solforico diluito (es.: acidi tartarico, citrico, ossalico, ecc.).
      2) Trattamento con idrato di calcio e trasformazione in sale di calcio solubile e successiva precipitazione dell'acido mediante acido cloridrico diluito (es.: acido benzoico dal benzoino).
      3) Trattamento della soluzione con acetato di piombo, trasformazione dell'acido in sale di piombo insolubile e decomposizione di questo con acido solforico diluito (es.: acido malico, ecc.).
      Acidi: tartarico, citrico, malico e ossalico. - I primi lavori di Scheele riguardano due acidi organici vegetali: gli acidi ossalico e tartarico.
      Quando era ancora a Malmöe, intraprese delle ricerche sul sale di acetosella e nel 1768 fece presentare su questo argomento una Memoria all'Accademia delle Scienze di Stockholm, che non fu però stampata perchè Bergman dichiarò che non vi si trovava nulla di nuovo.