Egli conservò queste due cattedre sino alla sua morte, avvenuta nel 1710.
      Studiò contemporaneamente le matematiche e la medicina e dopo laureatosi, a soli 23 anni, in medicina, continuò gli studi di matematica, dei quali gli fu maestro il Montanari, e nel 1686 fu nominato intendente generale delle acque nel Bolognese. Questa carica era assai importante per il gran numero di torrenti e canali esistenti in quelle regioni e per le frequenti inondazioni che rendevano necessaria una oculata sorveglianza.
      Nel 1697 pubblicò il suo celebre libro: Della natura dei fiumi.
      Il 29 ottobre dell'anno 1690 fu nominato professore di matematica ed ebbe inoltre la direzione del calendario. Poco dopo nel 1692 fu chiamato quale perito in una grave questione fra Bologna e Ferrara in causa dello sbocco del Reno nel Po. Il Papa mandò a Bologna i cardinali Doda e Barberini, i quali pregarono il Guglielmini di studiare la questione delle acque nel Ferrarese e nel territorio di Ravenna.
      Dopo questi lavori idraulici, Bologna fondò una cattedra apposta pel Guglielmini detta di Idrometria (1694). Fece molti lavori idraulici per Cremona, Mantova ed altre città; sono ancora ricordati i grandi lavori che fece nel Po presso Piacenza, a cui questo fiume aveva recato gravi danni.
      Fu allora che la Repubblica di Venezia lo chiamò alla cattedra di matematica a Padova, nel 1698. Ma Bologna non voleva perderlo completamente e desiderava che almeno di nome appartenesse ancora alla sua Università, e perciò gli mantenne il titolo di professore onorario ma collo stipendio per le effemeridi astronomiche e per il calendario astrologico di ciascun anno(31). La Repubblica veneta lo incaricò di molti lavori idraulici e perciò egli dovette trascurare un poco l'insegnamento(32).