Pur continuando gli studi di matematica e di idraulica, non tralasciò quelli di medicina, e nel 1702 fu nominato a Padova anche professore di medicina teorica, resasi vacante per la dimissione di Pompeo Sacchi.
      Egli era degno allievo del celebre Malpighi ed anche come insegnante godeva ottima fama e l'Eloy, nel Dictionnaire de Médecine, scrive:
      Sa méthode d'enseigner avait tant d'ordre et de précision; elle était relevée par tant de bonnes choses, dites avec tant de force et de grâce, quil eut la gloire de former presque autant de grands maitres que de disciples
      (33).
      Curiosa coincidenza, i due più grandi anatomici che ha avuto l'Italia dal 1650 al 1710, cioè Malpighi e Morgagni, furono: l'uno il maestro di Guglielmini e l'altro il suo editore e biografo.
      Guglielmini era molto robusto ma, scrive il Weiss, una eccessiva applicazione alterò le sue facoltà intellettuali.
      Verso la fine del 1709 fu colto da vertigini, da convulsioni, da delirio, che l'obbligarono a sospendere le lezioni e fecero dubitare vicina la sua fine ed invero dopo otto mesi di sofferenze, causa una emorragia, moriva a Padova il 12 luglio 1710. Aveva solamente 54 anni.
      Era, dicesi, di carattere dolcissimo, ma a primo aspetto piuttosto ruvido e non amava essere distratto dalle conversazioni.
      Mr Guglielmini était grand, mais un peu courbé, scrive il Chauffepié; la physionomie n'était pas prévenante. Des yeux noirs, vifs à la verité, sous des sourcils de même couleur, fort épais, fort larges, un peu refrognés, un teint pâle, et même livide, un air naturellement sévère, ne prévenoient pas en sa faveur; mais on lui aurait fait grand tort de juger du caractère de son esprit par sa physionomie; quoique son application profonde à l'étude lui communiquât quelche chose de rude et de sauvage, et qu'il méprisât certaine dehors et certaine politesse extérieure, il était d'une humeure douce et civile.