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Benchè studiasse medicina, la cometa dei 1680-1681 fece tornare il Guglielmini ad occuparsi di astronomia e in questa occasione pubblicò la sua opera De Cometarum, ecc. E diede poi nuova prova del suo sapere in astronomia con l'osservazione che fece a Bologna dell'eclissi solare del 12 luglio 1684.
Nel 1687 fu chiamato a far parte dell'Accademia di fisica che allora il Marsigli aveva fondato a Bologna, primo nucleo dell'attuale Accademia delle Scienze di Bologna, e nell'anno seguente il Guglielmini vi lesse un discorso in lingua italiana: Sulla figura de' sali, Bologna 1688, che è ora da considerarsi come il suo lavoro principale per la importanza scientifica. Nello stesso anno fu eletto membro della Società reale di Londra e nel 1696 fu eletto associato straniero della Académie des Sciences de Paris.
Si occupò ancora di astronomia nel 1695, quando il vecchio Cassini tornò a Bologna per accomodare la famosa meridiana ch'egli aveva costruito in San Petronio.
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A molte e molte utili considerazioni ci condurrebbe la storia delle scienze. Fra l'altro ci dice che il progresso vero è strettamente legato alla cultura generale della mente che crea. Si è detto che i grandi scienziati del 600 si distinguevano dai moderni più che tutto per l'universalità del loro sapere e per l'abilità di coltivare i rami più disparati della scienza. Ma questo è pur vero anche per l'epoca moderna. È la caratteristica del genio. La specializzazione non creerà mai grandi cose.
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