Egli fu sempre uno strenuo e costante propugnatore della teoria atomica. Ancora negli ultimi anni della sua vita ha scritto in difesa di questa teoria della costituzione della materia. Coglieva qualunque occasione per ribattere le critiche contro la teoria atomica.
      Il Faraday invece non ammetteva volentieri la teoria atomica. "Non è facile, egli diceva, a farsi una chiara idea della natura degli atomi, specialmente se si considerano i corpi composti"(215). Ma dobbiamo notare che il Faraday, come tanti altri chimici e fisici del tempo, non facevano una distinzione netta tra atomo e molecola.
      Faraday nel 1845(216) pubblicò un lavoro di chimico-fisica in generale intorno la natura della materia, nel qual lavoro cercava di dimostrare la poca probabilità dell'ipotesi atomica. Dopo riassunto il lavoro di Faraday ed espostene le idee, nel suo Rapp. Ann. Pel 1845, pag. 2, così scriveva:
      Non si può negare che la teoria atomica sia una ipotesi: ma essa è una conseguenza di fatti innumerevoli, la cui causa sfugge ai nostri sensi. Se questa conseguenza è inesatta, deve esistere un'altra causa che possa soddisfare ugualmente bene ai risultati delle esperienze. Se noi non ne troviamo un'altra simile, noi dobbiamo conservare quella che abbiamo ammessa sino ad ora. La prova tratta dalla corrente elettrica non prova nulla per sè stessa. Prima di poter trarre una conseguenza di questa obiezione, noi dobbiamo sapere in che consista una corrente elettrica. È forse la corrente elettrica un fluido imponderabile che scorre negli interstizi della materia, od è uno scambio di elettricità opposte tra le parti materiali, scambio che può effettuarsi a distanza e che non esige punto un contatto immediato?