Ma, siffatto magistrato non bastando a frenare la prepotenza dei nobili, crearono nel 1292 il gonfaloniere di giustizia, al quale dettero sotto venti bandiere mille uomini, onde si trovasse sempre parato a favorire le leggi. Primo eletto fu Ubaldo Ruffoli; e trasse per la prima volta fuori il gonfalone per disfare le case dei Galletti, avendo uno di quella famiglia ucciso in Francia un popolano. Il gonfaloniere e la Signoria esercitavano, da principio, grandissimo potere, stando nella facoltà di quelli fare o non fare quanto loro meglio piacesse. Dal 1494 insino al 1512, e dal 1527 al 1530 poi, sibbene il Consiglio Grande fosse vero e legittimo signore, nondimeno cotesti due magistrati ritenevano gran parte della sua autorità. Uscito fuori dal bisogno e per avventura dall'ira, cotesto ufficio riunì un tempo entrambi i poteri che noi diciamo deliberativo ed esecutivo; in seguito, procedendo nella scienza di governare lo stato, l'autorità del deliberare fu, come si doveva, restituita ad ampia assemblea, ed essi ritennero il potere esecutivo, il quale nondimeno divisero in altri magistrati subalterni, come sarebbe a dire i Dieci, ai quali commisero l'incarico di vigilar su le cose della pace e della guerra, i Nove preposti a provvedere alle milizie del contado, gli Otto all'amministrazione della giustizia criminale, ed altri ad altre cose.
      Dopo la Signoria, nel reggimento della Repubblica Fiorentina comparivano notabili i sedici gonfalonieri. È incerto se Giano della Bella nel 1292, o il cardinale da Prato, mandato nel 1303 da papa Benedetto XI a pacificare la città, gl'istituisse.